《北京联合大学学报》创刊于1987年，1987—1992年为内部刊物，1993年经科技部和国家新闻出版总署批准国内外公开发行，为北京市教育委员会主管、北京联合大学主办的综合性学术理论刊物。学报追踪学术前沿、热点问题，现主要开设的栏目有应用型大学研究、智能控制与智能计算、生命科学与生物技术、地理科学与3S技术、特殊教育、应用技术及专题研究等。
学报被评为“2020、2022年度中国高校优秀科技期刊”“中国高校编辑出版质量优秀科技期刊”“第二、三届中国高校特色科技期刊”“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”“中国高校期刊优秀网站”“北京市高校系统自然科学学报‘三优’评比一等奖”，是《中国学术期刊（光盘版）》数据库来源期刊。